A praça onde hoje esta construído a nossa igreja do santuário foi cemitério desde os inícios do povoado, sendo assim considerado um terreno santo. Serviu como cemitério até 1914. Posteriormente, em 1915, com a criação do novo cemitério a maior parte dos despojos ali existentes foram exumados deste e inumados no novo cemitério. Uma boa parte deles ainda permanece sob a construção da igreja.
Têm-se notícias da destinação do terreno para a construção de uma igreja desde 1926. No inicio dos anos 30 uma senhora (não se tem o nome) iniciou a construção de uma capela, mas ela mudou-se da cidade e as obras foram paralisadas. Os alicerces foram encontrados em 1932 quando foram iniciadas as obras de construção pelo senhor Antonio Azevedo, que tendo recebido uma graça durante a guerra e vindo para Olímpia teve o propósito de construir uma igreja dedicada a Nossa Senhora Aparecida.
No dia 21 de dezembro de 1941 foi celebrada a primeira missa pelo padre Teodoro Bibiano da Silva. Em 1950 a igreja estava concluída. Majestosa mas de poucas dimensões recebia o apelido carinhoso de “a igrejinha”.
A Paróquia foi criada aos 29 de junho de 1958, e no dia 29 de Novembro de 1959, foi dado o início aos trabalhos de ampliação do presbitério, sacristias e naves laterais e lançada a pedra fundamental para o que, segundo as intenções da época, deveria ter sido o “Santuário Franciscano de Nossa Senhora Aparecida de Olímpia”.
Em 1980 a igreja teve que ser reformada à causa de dano no forro feito em estuque, que despencou e destruiu o antigo altar do Santíssimo feito em mármore. O forro foi refeito em madeira, permanecendo como está hoje. Desde maio de 2003 passou por novas reformas e pinturas murais e afrescos e detalhes em arte sacra, como também transposição da pia batismal do fundo da Igreja para o lugar atual e construção dos altares fixos em mármores distintos. Criado o ambiente harmonioso e de temática mariana e a partir deste remanejamento e embelezamento a antiga “igrejinha” passou a ser conhecida como “Matriz Nossa Senhora Aparecida” que, sem perder o carinho do antigo apelido, se tornou ponto de referencia e atrativo turístico religioso da cidade.
